这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
反叛海盗塞尔扣克和自私，是希望，寻找宝藏在南部的海洋航行的英语帆船的驱动程式。没有敌船，在土地娱乐博彩和塞尔扣克很快就已摘中国的现状和未来，储蓄他赢得了敌意和特别是船长的公牛，决定离开他在荒岛上的船员。那裡你应该埋葬他们渴望复仇和过度的野心和脸看世界的新途径。
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运……
小熊猫源克历尽千辛万苦终于找到了失散多年的父亲，开始了学习中医的历程。但黑虎与马戏团团长申野合谋了组建大型马戏团的计划，于是开始抓森里里的动物。就在这时黑虎突然病倒，并且很严重。小熊猫源克最后用针灸终于治好了黑虎的病。黑虎开始反思自己并且悔过自新，释放了森林里的所有动物。
