兰尼副总统正在为儿童健康基金会做宣讲时，一艘不明身份的巨型飞船悄然而至。战术空军司令部派出的多架飞机均被击毁，总统遇难，兰尼接任。原来这艘飞船来自太空中的猎户星云。猎户星人摧毁了全世界的政府和军事设施，并声称要给人类一个重启新世界的机会，他们将会带给人类更好的生活。猎户星人通过治愈兰尼儿子的腿疾获取人类的信任，各地居民纷纷登上猎户星人的运输船。但是凯利带领的“第一地球”自卫队并不相信猎户星人，他们通过袭击运输船企图将外星人赶走。另一边，兰尼和她的军官们发现猎户星人对地球和人类原来另有企图，他们必须想办法阻止猎户星人的入侵。当猎户星人首领因不满自卫队袭击运输船的行为要与兰尼会面时，兰尼和军官们决定将研制好的病原体和炸药带上猎户星人的母舰。最终，他们成功摧毁了猎户星人的大本营，并安全返回地球，解救了全人类。
When Troy Holloway wakes up to find himself trapped aboard a drifting escape pod shooting towards the Sun he quickly realises the true terror of his situation. With rapid oxygen depletion and a burn- up rate of 90 minutes, Commander Roberts leads a rescue party to save Holloway before time runs out. Having recently lost his son and now confronted by his immediate end, Holloway feels less enthusiastic about survival. But Roberts, speaking to him only through a weak radio transmission, is determined to save his life, and both soon learn that the lives they have both lived influence each other in unexpected ways.
三百年后的地球为一群高级科学家所统治，他们奴役贱民以供自己享乐，但有一名野蛮的毁灭者（肖恩·康纳利饰）闯进了科学家所建的世外桃源，使情况整个改观……
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
