影片为《侏罗纪世界》系列的完结篇，故事的开篇设定在纳布拉尔岛被摧毁的四年后。如今，恐龙在世界各地与人类共同生活、共同捕猎。这一脆弱的平衡将重塑未来，并最终决定人类能否与史上最可怕生物共享这颗星球，并继续站在食物链的顶端。
当一股神秘力量要歼灭人类，大家只知道一个法则：万一你看到它，就要奉上自己的性命。面对一切未知，梅乐莉找着爱与希望，以及可以瓦解这股力量的新转机。 她别无选择，只好带着两个孩子渡过危机四伏的河流，逃往唯一可能安全的地方避难。为了生存下去，他们必须蒙上双眼，踏上长达两天的危险旅程。
喜爱探险，对神秘宝藏充满了憧憬的李登布罗克教授（詹姆斯·梅森 James Mason 饰）在无意之中发现了一张历史悠久的羊皮纸，羊皮纸上记载了一位名叫阿尔纳的男子曾经前往地心探险的路线图。欣喜若狂的李登布罗克教授当即决定重走趟充满了危险和未知的地心之旅。 尽管遭到了朋友 们的强烈反对，李登布罗克教授还是带着侄子毅然决然地出发了。两人的旅途始于苏格兰爱丁堡，之后，来自冰岛的汉斯（Peter Ronson 饰）成为了他们可靠的向导。三人来到了斯奈菲尔火山口，从此进入地表之下，在长达三个月的旅程中经历了种种光怪陆离的现象，遇见了无数千奇百怪的动植物，甚至邂逅了神秘的种族。
2015年，朋友派出的恶魔推销员遍布世界各大主要城市，致命的病毒就此蔓延，全球愈20亿人丧命。在此之后，朋友开发出的疫苗拯救无数绝望的生灵，他再次被人类奉为神明，朋友帝国的统治进一步加强。 与此同时，以义常（香川照之 饰）为首的“贤知一派”和神奈率领的“冰之女王军”与朋友及其地球防卫军接连展开对抗。在被高墙封闭起来的东京，朋友做出新的预言，“2017年8月20日这天，外星人将来到地球散播更为致命的病毒，全人类都会因此灭亡”。人类危在旦夕，革命军加紧部署，阿区（丰川悦司 饰）、贤知（唐泽寿明 饰）、青蛙仔（宮迫博之 饰）、丸夫（石塚英彦 饰）也相继回到这里。关系人类命运的最终决战即将展开…… 本片根据浦泽直树同名漫画改编，影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准。
决战日当天，红皇后和白皇后的军队开战，以决定仙境的命运。白皇后派出预言中的勇士爱丽丝，爱丽丝鼓起勇气，手持佛盘剑面对炸脖龙的挑战。红皇后派出终极法宝炸脖龙，与爱丽丝决一死战。预言中的爱丽丝斩杀炸脖龙，爱丽丝凭着信心和佛盘剑完成了这一历史使命。爱丽丝在跟炸脖龙搏斗的时候，她明白了，她父亲每天早上会想明白六件不同的事，她也明白，人会变大会小，兔子会说话，猫会笑，是一个地方叫仙境，最重要的是“我能杀死炸脖龙”。爱丽丝悟出了真我与自信，相信自己一定能成功，鼓起勇气，手持佛盘剑打败了炸脖龙，砍下了炸脖龙的头，炸脖龙一死，红皇后的战士们失去了精神支柱，全部倒戈离她而去。白皇后重新成为仙境的王，她把红皇后和黑骑士永远逐出仙境。
在外星人入侵几乎灭绝人类的几年后，人类难民在月球上的一个秘密基地，三个英雄决定跳入时间旅行，不顾一切地试图拯救幸存者，但他们不知道哨兵正在等待他们。
