公元1645年，清军已经占领明朝半壁江山，南明隆武帝退守福建。当时的台湾被荷兰人占领，国家有难之机，皇帝（徐敏 饰）招见郑森（赵文卓 饰），赐名“成功”，任御营中军都督。由于父亲郑芝龙（杜志国 饰）在反清复明中与皇帝意见相左，隆武帝封郑成功为招讨大将军，赴边关探查军情。十几年后，荷兰人统治下的台湾民不聊生，不断有不甘被盘剥的百姓逃奔而至，郑成功決定收复台湾。一六六一年春末，郑成功率200艘战舰进攻台湾，在何斌的帮助下，郑军绕过鹿门岛浅海，两万多人出其不意地出现在荷军面前，荷兵仓皇应战，并将薛良等数名百姓押做人质，声言若郑军不撤就杀人质。何斌欲换薛良遭荷兵打死，薛良随即跳城而亡，郑成功见状怒发冲冠......
冬日的傍晚，滑冰场发现一具无头女尸，经查此人是餐厅服务员刘丽珠，刑警单立人（葛优 饰）着手调查此案。刘的丈天对妻子的遇害反应冷漠，虽不合常理，但最终排除了作案可能。死者身上的一个电话号码让一个叫李建平（尤勇 饰）的人纳入警方视线，单立人传讯了李建平，调查得知该人一惯招摇撞骗、玩弄女性感情。从他的房间里搜出B型血衣，正好和死者血型相吻合，但李矢口否认杀死了刘丽珠。次年春天，冰雪消融，有一捕鱼人从河里捞起了刘丽珠的头颅，面对铁证，百般抵赖的李建平心理防线彻底崩溃，他如实交代了强奸未遂杀人灭口的作案过程......
1930年代，长征途中。红军妇女独立团在团长（倪萍 饰）带领下，率部女扮男装阻击敌人，掩护主力撤退。丈夫田林（张潮 饰）就在自己队伍中，但形势所逼，团长不能与其相认。侦察归来的桑吉措（泽仁拉姆 饰）报告，同去侦察的蛮妞（周生 饰）被马匪俘获，众战士决心下山跟敌人硬拼，团长和政委（王宝坤 饰）知道敌人想用“引蛇出洞”诱歼我军，坚决不同意下山，但田林和桑吉措违令冲向敌群，政委为挽危局中弹牺牲。团长举枪对准田林，她要执行战场纪律，众人纷纷跪倒求情。在党的会议上，决定田林、妙姑（木易 饰）带师长（金石声 饰）和政委的遗孤小毛头（王浩 饰）进祁连山，自己则带领其他战士进入茫茫大漠......
清廷四品带刀侍卫马龙在官场失势，转而投到理藩院任职；背叛师父投靠敌人的王显落草为寇，无恶不作；吕四娘再度隐居避难。利欲熏心的马龙，为获得高官厚禄，不惜民族分裂疆士破碎，而效力于准噶尔部阿睦那撒亲王，参与其阴谋判乱，并受亲王派遗秘密护送联合东西蒙叛乱的“血密函”。乾隆皇帝有所觉察后，派重臣纳兰文德出京察访，却被王显一伙拦劫在山路上，幸得路过此地的吕四娘的阻止。不久，他们又在西瓜地里伏击了马龙一行，混战中，马龙抱着装有密函的宝匣只身逃走，并在当晚投宿到圆通寺。就在第二天清晨马龙准备离去时，被在此寺出家为僧的马师傅海空法师发现，为清理门户，海空法师与马龙展开一场恶斗。这时，仇英和吻妹及时赶来，他们打落马龙身上的宝匣，发现了密函。王显赶到，也被仇英和吻妹打得落荒而逃。马龙追上王显，要与他联手对付仇英和吻妹。受阿睦那撒亲王委派，暗中监视马龙的恶僧凌云子出现在马龙面前，当得知密函遗失后，马上追踪海空法师到沙漠上，两人展开了厮杀。吕四娘已暗中跟踪凌云子多时，关键时刻吕四娘突然出现，一举挫败了凌云子，救出海空法师，并与凌云子约定在千山一决胜负。仇英和吻妹为解开“密函”之谜，来到汤根庙找葛根大喇嘛。葛根大喇嘛解译密函后，劝仇英和吻妹将密函送往京师，报效国家。二人到千山找吕四娘，为维护祖国统一大业，吕四娘不计个人恩怨，命仇英和吻妹将血密函交给纳兰文德带回京师。同时，吕四娘在紫霞观设下“九宫八卦阵”，以逸待劳，在千山绝顶奕棋待敌。王显、马龙、凌云子先后来到千山，使出浑身解数也没逃出吕四娘之手。吕四娘与仇英、吻妹骑马而去。
描写一个日本遗孤在中国的坎坷遭遇，编织了曲折生动的情节，讲述了一个富有传奇性的故事。
