半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运……
这一次，华莱士（皮特·塞利斯 Peter Sallis 配音）和他的好狗狗阿高改行开起面包店，凭借其精良高效的设计，全自动化面包店招揽不少的主顾。可是，就在此期间，一个神秘的连环杀手先后杀害了十二位面...
