故事发生在清河聂氏处理其祖传刀墓事件时期。聂明玦带领聂怀桑为百姓安康，将古墓恢复原状，确保聂氏安稳。这使得聂怀桑从顽皮弟子的心态变得愈加成熟，聂明玦也从中更了解弟弟，帮助他成长为下一代宗主。
三年前，著名的五维实验出现差错，导致外卖员马江维和实验物体一起被送往五维空间的另一个地球，这里没有人类、环境恶劣，马江维依靠顽强的生命力生存下去，等待地球上的科学家来救他；而地球上，物理系大学生李莉莉碰巧发现关于他的报道……
提姆（杰夫丹尼尔 饰演）是个很有企图心的电视新闻记者，可是他却得不到老板的赏识，某次回家的路上，竟遇上火星人的太空船撞上地球！转化地球人外观的火星人马汀，为了修复太空船，只好找上提姆，提姆与马汀相处越久，越发觉它其实是个善良的外星人，但因为马汀的行为怪异，不知不觉被太空研究中心小组成员盯上了……
美國主要城市遭國際恐怖組織發動攻擊，迫使美國宣布戒嚴。空軍艦隊搭配無人自動機械巡邏系統，對民眾進行監督反恐。某天，一名巡邏機駕駛赫然發現自己因宗教信仰而被列為監測對象，因此他私自存取高機密資料，並帶著妹妹逃入紅區尋求庇護。深怕機密資料落入敵人之手的美軍高層，決定下達密令即刻追緝…
21世纪中叶，地球环境遭到巨大的破坏，人类文明和信仰不可遏止地崩塌。在一片乱象的关头，名为ROC的科技公司凭借他们研发的“朝圣者7000”智能机器人迅速崛起。朝圣者深入民间每一个角落，帮助人们从生到死处理身边的一切事务。在两条根本原则的约束下，机器人们任劳任怨，不辞辛苦，与此同时也遭遇种种残酷无情的对待。贾克·波根（安东尼奥·班德拉斯AntonioBanderas饰）是ROC旗下的一名保险理赔员，在工作中他意外发现，许多朝圣者不仅被人私自篡改，连根本原则都遭到破坏。
環境学者である西山玄学は、企業や企業の肩を持つ警察の圧力に屈することなく公害の実態調査をする一方、代々家に伝わる『諸世紀』の研究をしていた。そんな或る日、娘であるまり子の恋人の中川が帰国。まり子と中川の前で、父の西山玄学は「今の時代、先がどうなるかわからない。結婚しても子供は作るな」と残酷な忠告をした。数日後、夢の島で合成防腐剤AF2のため巨大化したナメクジが大発生する。日本各地では奇形児が増加する一方で、亜鉛鉱山周辺では特定の能力が異常に発達した子供が現れる。中川の実家がある漁村が赤潮で全滅した夜、中川とまり子は互いに惹かれ、ついに船の上で結ばれる。 西山は、人類の行き過ぎた開発が人類を滅亡させるとして、必要以上の生産を止めるよう提言するが、人々の興味は生活の向上や生産の増加に向いており、逆に「ヒューマニズムの崩壊」と批判される始末。国際会議も、発展途上国の人口増加が環境破壊に拍車をかけていると主張する先進国と、先進国の資源浪費が環境破壊の原因だと反論する発展途上国が対立して紛糾する。そんな中、太平洋上の海面が凍りつき、エジプトで雪が降るなどの異常気象が発生。さらに、成層圏に滞留した放射能がニューギニアに降り注いだとの知らせが届き、国際合同調査隊が派遣されることになった。西山の研究所からも2人の部下が派遣される。しかし合同調査隊は行方不明になり、西山や中川らによる第2次合同調査隊が派遣された。そこで彼らが目の当たりにしたのは、放射能によって巨大化した動植物や、食人鬼となり襲いかかる原住民、そして洞窟の奥で生きる屍と化した第1次調査隊隊員の姿であった。彼らに拳銃を向ける外国人隊員を制止する玄学だが、「こうするほかに何ができますか?」と反論された玄学も、自ら自分の部下を射殺するしかなかった。 その頃、SST事故によるオゾン層の破壊で日本列島に超紫外線が降り注ぎ、山火事やコンビナートの炎上が続発。さらに、異常気象は世界各地に拡大し、各国の穀倉地帯は軒並み全滅。暴騰する食料価格や大災害で人心は荒廃し、食料目当ての暴動や若者の退廃が進行。ついにそれによる二次災害までが発生し、東京の空はオゾン層の歪みで巨大な鏡と化した。大災害が頻発する中、西山の妻である伸枝は病に倒れ、玄学の腕に抱かれながら息を引き取る。その一方で、まり子の体には新しい命が宿っていた。 度重なる天変地異に、西山は国会で様々な人類滅亡のパターンを警告し地球の危機を力説、破滅への展望を展開していく。その凄惨な内容に衝撃を受けた内閣総理大臣は、政治家として大きな決断を迫られた。その決断とは…。
