2013年10～12月にテレビアニメが放送された京都アニメーション制作「境界の彼方」の劇場版2部作の後編。テレビ版総集編にあたる前編「過去篇」から1年後を舞台に、ヒロインの栗山未来らに起こる新たな出来事を描いた完全新作の劇場版。戦いが終わり、これまらまた普通の日々が始まると思っていた秋人と未来だったが、未来の記憶が失われてしまう。新学期を迎えても未来の記憶は戻らず、高校3年生に進級した秋人は未来の幸せを願い、彼女を避けるように生活していたが……。
为了找到亚特兰蒂斯的三叉戟并统治整个海洋，塞壬偷走了传奇之书。神奇女侠、女超人等再次齐聚，粉碎塞壬的计划。
近未来，金融危机席卷美国，失业率和犯罪率飙升，各大主要城市纷纷爆发抗议与动乱。始终与超级英雄作对的莱克斯•卢瑟摇身一变成为总统候选人，他采取强硬的手段镇压暴动，并向选民许下美好前景，最终他如愿以偿当上美国总统。上任之初，卢瑟强化国家集权，先后将原子队长、黑闪、力量女神、武士刀等超级战士招至麾下，其声势空前壮大。而超人和蝙蝠侠对卢瑟的做法心存顾虑，始终不与之合作。 与此同时，一颗小行星飞临地球。卢瑟以联手阻止小行星为由与超人会面，结果却派出金属电子人对超人进行攻击。一番激战过后，超人在蝙蝠侠的帮助下侥幸逃脱，而金属电子人则被神秘之人杀害，卢瑟据此栽赃超人。曾经的超级英雄一瞬间成为公众之敌…
大洗女子学园在第 63 届全国战车道大赛中拿得冠军，但文部科学省违背承诺，仍决定要大洗学园废校。不过，官员们仍给大洗多一次机会，就是要大洗战车道部和大学生选拔队来一场对战。可是，大学生选拔队的实力比一般高中生战车道队强很多倍之外，她们所使用的战车比高中生们所用的更先进，此外，队长还是西住流旗鼓相当的战车道世家—岛田流出身……不过，美穗等人得到各个学园舰的战车道部出手支援，一起为守护大洗学园而并肩作战。
21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，用高科技手段屏蔽一切外来信号，再次进入锁国状态。 此后整整10年间，关于日本的现状外界一无所知。美国政府急于了解日本当前的状况，虽派出特种部队SWORD秘密潜入这个已经封闭了十个年头的神秘国家。当特种队员VEXILLE（黒木メイサ 音）和里昂（谷原章介 饰）进入日本后，眼前的一切却令他们大吃一惊…
