水と触れ合うことが好きな七瀬遙は、仲間の橘真琴と共に入学した岩鳶中学校で水泳部に入部。遙は、真琴と椎名旭、桐嶋郁弥でメドレーリレーのチームを組むことに。彼らは個性も考え方もバラバラで、全くうまくいかない。それでも遙はチームになるために必要なことを考え、互いを少しずつ知り、練習を積み重ねていく。
堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
强盗弯刀在传说中的沙漠遗迹-阿兹罗德，挖掘宝藏时意外惊动了封印中的噩梦君，噩梦君蛊惑弯刀打开封印，噩梦君再次复活黑暗降临。封印大师小芝麻被邀请参加拍卖会，一个来自阿兹罗德的宝箱突然释放出梦魇诅咒，将小芝麻拖入可怕梦境。
城市突然出现火怪，普通职员大石头因此而失业，沮丧的他只好每天跟好朋友一起送快递，有一天竟然意外用朋友发明的饮料消灭了火怪，为了拯救家人和城市，他们化身饮料超人，成了对付火怪的超级英雄。
300年前，沿海居民不堪忍受外来殖民侵略者的压迫与搜刮，组成海盗与殖民者作战。海盗们将殖民者的财宝抢来埋藏在一片神秘海域，传说堆积如山的财宝光芒闪耀，变成美丽的彩虹，从此海盗和他们的宝藏以彩虹而闻名。自称彩虹海盗后人的海狸波波（谢元真配音）将传说编成故事说给海底居民们听，结果引来了寻找财宝不成的海马家族以及凶狠神秘的独眼鲨（谭满堂配音）。危急时刻，波波得到小潜艇阿力（范楚绒配音）的救助。他们带上小潜艇贝贝（洪海天配音）以及海马家族，踏上了寻找彩虹宝藏的旅途。
