一名轻度自闭的航天工程师罗伊，他的父亲在20年前离开地球前往海王星，寻找外星智慧生物。不料任务失败，有去无回。而罗伊此次也要飞越太阳系，找到父亲，并查清当年失败的原因。
吴浩是华夏贸易公司的总经理，因为患上了脑瘤最终不幸去世，医学家庞教授利用他那把能够化腐朽为神奇的手术刀，将因为车祸而死得农民王家培的大脑成功的移植到了吴浩的脑中，就这样，王家培以吴浩的身份重生了。 复活后的王家培因为他根深蒂固的农民思想而将公司里的大小事务搅得一团糟，不仅常常犯下让人啼笑皆非的错误，还将家乡的父老乡亲们纷纷招进了公司。张副总经理和陈秘书发现了吴浩的反常，觉得其中有异，于是决定利用吴浩的反常大捞一笔，他们设计了一连串的阴谋欺骗吴浩签下了引进外资的合同，接着捐款潜逃，连累着吴浩站上了法庭接受审判。
这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
