合成人

公元2186年，人类爆发了精神危机，AI乘虚而入创造“完美世界”和心灵孵化区，只有通过心灵值测评才能通向完美世界。Jacky和渡休一起生活在孵化区内，对完美世界充满向往，在一次心灵评测失败后由于抱怨导致两人心灵值被监视官扣至为零，于是他们找到地下组织“沖激钻”打算非法离开孵化区。但渡休的冒险偷渡方式不被Jacky认同，两人争执致使感情决裂。Jacky担心渡休安危，继而向千灵圣女求援，而千灵圣女则是一具被AI操控的雌雄两性躯体，心灵孵化则是她操控人类的手段。Jacky弄巧反拙，令渡休的意识被强制回收，同

故事讲述一位前科犯人（杰克·莱诺饰），被迫要跟被收养的兄弟一起逃亡，全然因为他们被一位报复心极强的罪犯（詹姆斯·弗兰科饰）追捕。而兄弟俩保护自己的方式，就是找到神秘武器。

　　到千年之交时，一种名为“虚拟现实”的技术将得到广泛应用，它能使人进入一个由电脑创造出来的、如同想象力般无限丰富的虚幻世界，它的创造者预测这种技术将为人类社会的发展发挥无数积极的作用，而有些人则担心它会被一些人利用，成为一种控制人类思想的新方法。
　　在美国一间“虚拟空间工厂”，安吉罗·拉瑞博士正在致力于研究一种能够迅速提高人类智商的“5号计划”。在过去的5年时间里，安吉罗博士的研究对象是几只精心挑选出来的猩猩，试验已经证明，猩猩在虚拟空间的刺激下，智商已经明显提高。可“虚拟空间工厂”的负责人蒂姆斯受到幕后投资人的指使，一直鼓动安吉罗博士通过这种方法对猩猩的原始暴力中枢神经进行刺激，以此来提高它们的攻击性，最终制造出比武器更厉害的东西。安吉罗坚定地拒绝了那些战争流氓的痴心妄想，于是投资人拒绝继续投资，安吉罗也因此遭遇了停职的困境。
　　安吉罗不愿放弃“虚拟空间”项目的研究，但却苦于没有研究对象，一个偶然的机会，除草人乔布出现在了安吉罗的面前。乔布患有先天性的智力缺陷，从小就被神父收养的他受尽了周围人的欺侮和白眼，只有邻居家的小孩彼得愿意跟他交朋友。但乔布天生乐观善良，安吉罗决心让乔布参与试验。
　　安吉罗对乔布的实验和训练进行了仅仅一个月，乔布的智商就增长了4倍，这一惊人的结果令安吉罗充满了信心，但与此同时问题也出现了，家里的研究设备已经无法满足随后的研究需要，安吉罗只好求助于蒂姆斯，希望能偷偷借用“虚拟空间工厂”的中心实验室继续对乔布的实验。蒂姆斯一方面爽快答应，另一方面却向幕后投资人告了密。
　　随着研究的深入，安吉罗发现乔布在提高智商的同时，也显露出了一些超出他预想的迹象，比如暴力倾向，于是他果断地中止了实验。经过调查安吉罗发现，乔布正在的注射的药物并不是自己之前配制的，而是一种直接刺激人的暴力中枢神经的药物，原来是蒂姆斯暗中调换的药物。
　　事实上此时的乔布已经拥有了一种“用思想控制物质”的神奇力量，他甚至借助这种力量烧死了表面仁慈、内心阴暗的神父，一直虐待他唯一的朋友彼得的父亲也没有得到好结果。安吉罗此时才意识到自己可能害了乔布，他努力说服乔布停止进入虚拟空间。但乔布已经失去了理智，他的智商甚至已经超越了安吉罗，并自行进行着实验，更令安吉罗始料不及的是，乔布正企图利用虚拟空间来获得控制整个世界的力量。紧要关头，安吉罗将炸弹安放在了中心实验室，想以此来阻止乔布进入虚拟空间。不甘失败的乔布拒绝离开实验室，在爆炸声中实验室瞬间成了一片废墟。

　　2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
　　本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。