在一个本应平和的日子里，美国队长（罗杰·克莱格·史密斯 Roger Craig Smith 配音）和钢铁侠（Adrian Pasdar 配音）两个好友彼此角力，互不服输，但彼此的友情也在这一过程中得到见证。另一方面，野心勃勃的红骷髅（Liam O'Brien 配音）绝不甘心此前的败绩，他雇来掌握了复仇者联盟超级英雄们全部技能的模仿大师（Clancy Brown 配音），发誓要彻底摧毁美国队长和钢铁侠这两个难缠的对手。按照之前的计划，一队九头蛇士兵入侵斯塔克的飞船，盗走了威力强大的斥力加农炮；与此同时，美国队长遭遇模仿大师，最终成为对方的俘虏，面临着被红骷髅转化的厄运。 在红骷髅的阴谋驱使下，一对昔日好友成为了正邪死敌…
希腊哲学家柏拉图曾经在公元前360年两度在他的著作【对话录】提及亚特兰提斯这个文明——“在一个分不清楚昼夜的晚上，亚特兰提斯沉入了深海。” 1914年华盛顿的市立博物馆里，年轻的男主角迈罗是一位语言学家，对于亚特兰提斯的传说深信不已。迈罗希望自己能像祖父一样成为一位伟大的探险家。在得不到博物馆的资金赞助下，突然出现一位祖父生前怪怪的好友愿意提供迈罗资金，让他去探索亚特兰提斯存在的真假。 迈罗领着专家组成最顶尖的探险队，出发前往深海寻找亚特兰提斯城。万万没想到，亚特兰提斯人居然仍然生活在地底的世界里。在亚特兰提斯的国度里，迈罗与探险队见到了亚特兰提斯二万岁高龄的国王以及八千五百岁的姬妲公主，他们对亚特兰提斯文明的未来感到忧虑，公主希望探险队可以帮助她的王国重新找回动力。不料整支探险队伍除了迈罗之外全都心怀不轨，他们全是为了金钱财富而来。
知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。 令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南
