地球历2110年。成功进入宇宙的人类，把多个资源小行星收归入囊，他们认为这样就与未来和繁荣挂钩了。 但是，在外宇宙的桥头保——木星圈，自称“泛银河统一帝国”的神秘势力乌鲁加尔袭来，使得地球陷入了关乎存亡的危机。 这时候，通过操控遗传基因而适应宇宙的人类诞生了，因此成立了特务机关MJP，而其下属Rabbids小队的少年们，驾驶最新锐的战斗机甲ASH，作为全地球防卫军GDF撤退的盾牌而被送往战斗前线。 面对着拥有压倒性战力的敌军，他们能够生存下去么……
物語は新たなステージへ── 『POP IN ２』のリリースから半年。 ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。 アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。 一方で、かなは以前の明るさを失っていた。 そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。 ────嘘を、武器にして。
2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。 《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。
