在距离地球15光年的外太空，科技昌明的Baab星上生活着一群爱好和平的蓝色小人。其中斯科奇（布兰登·费舍 Brendan Fraser 配音）是该星球一个勇猛果敢、正义感十足的超级英雄，他经常驾驶超新星-9号飞船穿梭宇宙，在BASA总部他的兄弟盖里（罗伯·考德瑞 Rob Corddry 配音）的指挥下，一次次圆满完成营救受困外星人的任务。这一日，刚回家不久的斯科奇被BASA负责人莉娜（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 配音）命令即刻前往黑暗星球——地球执行救援任务。担心兄弟的安危，盖里与执意前行的斯科奇发生争吵。在全Baab星人民的注视下，斯科奇成功抵达著名的51区，结果却被夏克尔将军（威廉·夏特纳 William Shatner 配音）为首的军方抓获。 为了救回最亲密的兄弟，一向谨小慎微的盖里不得不踏上凶险的征途，而这一切背后的阴谋也悄悄浮出水面……
摩尔庄园的天空树屋里，小鼹鼠摩乐乐（杨鸥 配音）和养父菩提大伯（夏磊 配音）过着平静的生活。由于一次误会，摩乐乐错失了出国旅行的好机会，负气伤心的乐乐，突然收到一张看似意外的火车票。接着，他召唤来了一辆从天而降的列车。这趟神秘的列车只有一个条件：永不归家。摩乐乐和小伙伴们乘坐列车，开始了探险之旅−−上天入地，还遭遇凶悍空匪的半路拦截。沿途所见所闻让孩子们惊叹不已：麦田怪圈的问号；沙漠小镇的奇遇；虫洞飞跃的惊奇……这趟列车究竟有着怎样的故事呢？而列车最终的目的地又在哪里？
