在一个本应平和的日子里，美国队长（罗杰·克莱格·史密斯 Roger Craig Smith 配音）和钢铁侠（Adrian Pasdar 配音）两个好友彼此角力，互不服输，但彼此的友情也在这一过程中得到见证。另一方面，野心勃勃的红骷髅（Liam O'Brien 配音）绝不甘心此前的败绩，他雇来掌握了复仇者联盟超级英雄们全部技能的模仿大师（Clancy Brown 配音），发誓要彻底摧毁美国队长和钢铁侠这两个难缠的对手。按照之前的计划，一队九头蛇士兵入侵斯塔克的飞船，盗走了威力强大的斥力加农炮；与此同时，美国队长遭遇模仿大师，最终成为对方的俘虏，面临着被红骷髅转化的厄运。 在红骷髅的阴谋驱使下，一对昔日好友成为了正邪死敌…
一次意外中，经营着“猪猪万事屋”的猪猪侠（陆双配音）意外获得了一颗魔豆，之后，杰克（陈轶配音）找到了猪猪侠，委托他帮忙寻回其丢失的会下金蛋的巨鹅。就这样，猪猪侠和同伴们千里迢迢赶往巨人岛，开始了属于他们的冒险。巨人岛上充满了危险，经过千辛万苦，猪猪侠一行人终于来到了巨人的城堡，找到了巨鹅，与此同时，巨人发现了他们的行踪，对他们展开了穷追不舍的狙击。当猪猪侠
正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
