岁月不饶人，长期以来守护高谭市的布鲁斯·韦恩也逃不过时间的无情魔掌，逐渐步入迟暮之年，而他的死对头小丑决定趁此大好时机准备大闹高谭市。但新任蝙蝠侠泰瑞早已作好万全准备，就等著他自投罗网；在了解前任蝙蝠侠布鲁斯和小丑最后一次对决的情况后，泰瑞更决心要为良师讨回公道，将小丑永远赶出高谭市！面对诡计多端的邪恶匪徒，新上任的超级英雄即将大展伸手，带给忠实影迷不一样的蝙蝠侠。
千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。 虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
