《灰色的灵魂》改编自菲利普·克罗代尔同名小说(2003年雷诺多奖)。影片追溯到一战时期，讲述那个时代的故事。1917年，在一个紧邻前线又尚未被战火烧灼的村子里，一个小女孩被杀害了。她被害的地点离检察官的住所咫尺之遥。多年来，这位检察官独自一人守着自己的秘密过着封闭的生活。案件的调查正好由一直备受检察官藐视和侮辱的法官米尔克领导。于是，调查成为了一场罪恶游戏，制造嫌疑犯比找出事实真相更加重要。在这样一个横尸遍野的年代，到底谁是受害者？谁又是杀人犯？
重案组警探POWER因亲密女友伊莲牺牲色相，拍摄三级电影而七窍生烟，心痛不已之际与该片的导演狭路相逢，不由分说便大打导演一顿以泄心中不快，莲因此与POWER陈闹翻。POWER陈与拍挡小鬼侦查一宗军火交易，在缉捕匪徒时与金毛虎恶战，POWER陈不敌，但在极劣之时突然实行一招自我心理催眠，幻觉将金毛虎视作该三
赵筱莹还有两个多月就要出阁，正与未婚夫忙于筹备婚事。一晚，莹夜归回家，被五名匪徒先劫后奸，事后她不敢告诉男友及家人。后来，她更发觉自己染上性病，莹十分愤恨这帮匪徒，后得酒吧老板柯世杰的帮助，希望查出真相。二人相处日久，渐生情愫，但莹却不敢接受。莹得到杰的帮助，终于杀死了五名匪徒。这时，莹又发现匪徒的幕后主使竟然是……
屯门屋出现色魔，相继发生奸杀案，犯案手法变态残忍，屯门居民人心惶惶，李SIR与其属下备受压力，务必将色魔绳之于法。众探员四处调查，以女警为饵，引出色情狂忠。正当警方毫无头绪时，又有一名少女被杀害，原来色魔近在眼前，正是警署冷气技工"威"，"威"性欲过旺，其妻无法应付所需，故"威"四处寻找猎物。惜在过往案件中，"威"都能不留痕迹，根本难以入罪。将经李SIR分析下，终于寻得"威"每次做案后用作烧衣服之火盆，并证明火盆上的衣服纤维，与死者衣服所染有的相同，成为有力证据!终于将"威"定罪。
1999年，澳门回归中国前。澳门司警马振成（杜汶泽饰）因惹上是非遭停职，警察生涯即将终结。马振成与伙计仍然夜蒲，盲打误撞遇上一名神秘少女张碧欣（梁洛施饰）。张碧欣随之跟着马振成回家，醉酒醒来的马振成以为自己与对方有了一夜情，再加上碧欣声称是他与初恋情人分手后生下的女儿，更加令马振成错愕不已。 碧欣因欠租数月以致无家可归，其心爱的狗狗伊莎贝拉亦被无良业主赶走，下落不明。身为父亲的马振成希望能弥补以往的责任，其后碧欣坚决要与马振成同住，令一向放浪的马振成生活顿起变化。 为求自保，马振成企图以身犯险令自己得以脱罪，他的好友杜Sir（黄秋生饰）亦屡劝无效。张碧欣欢欣鼓舞地准备与父亲落草，对着同校男生也难掩得意之色。然而渐渐地马振成从张碧欣身上，体会到什么是责任。
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藝名「空谷蘭」的歌女金玉蘭色藝俱佳, 捧場者眾. 蘭遭警察局局長糾纏, 內務總長之子魏孟元挺身相救, 二人漸生情愫, 結為夫婦. 婚後, 蘭誕下一子, 卻因出身寒微, 飽受魏家上下歧視. 蘭母病逝, 蘭回娘家辦理後事, 重遇以前的未婚夫李炳生, 卻被魏家傭人誣衊不貞, 慘被趕出家門. 蘭於湖邊遺下鞋子, 眾人以為她已投湖自盡. 元父乘機逼元娶表妹錢自芬, 讓元婚後去當官, 攜妻出差. 芬刁蠻任性, 與元不睦. 婢女阿香發現蘭未死, 暗助她晚上到魏家照顧兒子小元. 元、芬返家, 芬不堪元冷待, 企圖毒殺蘭子, 蘭及時現身阻止, 芬事敗大驚駕馬車逃走, 車翻人亡, 元、蘭破鏡重圓.
