柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
五岁的吉松和姐姐吉美自小失去了父母，过着相依为命的流浪生活，机缘巧合之下，姐弟俩得到寺院僧人的帮助，收留他们在寺院里住下。寺院内的生活轻松安稳，吉松年幼淘气，经常惹出小麻烦，但僧人们对他十分包容，还带领他进入修行的世界，令吉松单纯的相信，只要足够虔诚，就有机会见到他的妈妈。懂事的吉美已经双目失明，经常因为想念妈妈而偷偷哭泣，因怕弟弟伤心，无法向他说出母亲再不会回来的事实。冬天来临，吉松跟随僧人净觉到山上观音庵修行，但净觉最后一次下山采购时恰逢大雪封山，令他无法返回，五岁的吉松只身一人留在观音庵里，以他自己的方式终于见到了母亲…
