三只小猪驾着自己的飞船，踏上了前往“甜甜圈星球”的旅途。不料飞船遇到白洞的喷射，坠落在冰冻星球，偶遇人造外星人豆豆，并和豆豆成为了好朋友。但他们在护送豆豆回家的途中遇到了邪恶博士，并被告知豆豆是“四十大盗”。豆豆究竟是好人还是坏蛋？正义博士究竟在哪里？三只小猪面临的，是一场需要拯救宇宙的大冒险！
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
摩尔庄园的天空树屋里，小鼹鼠摩乐乐（杨鸥 配音）和养父菩提大伯（夏磊 配音）过着平静的生活。由于一次误会，摩乐乐错失了出国旅行的好机会，负气伤心的乐乐，突然收到一张看似意外的火车票。接着，他召唤来了一辆从天而降的列车。这趟神秘的列车只有一个条件：永不归家。摩乐乐和小伙伴们乘坐列车，开始了探险之旅−−上天入地，还遭遇凶悍空匪的半路拦截。沿途所见所闻让孩子们惊叹不已：麦田怪圈的问号；沙漠小镇的奇遇；虫洞飞跃的惊奇……这趟列车究竟有着怎样的故事呢？而列车最终的目的地又在哪里？
很久很久以前，银河系有一个大魔王叫索克大魔王，他妄想统治世界，却被一个神秘法器打败，五百年后，索克大魔王再次回来世间，并开始了一个更加离奇的计划，沙漠巨蝎、洞穴迷宫、火山巨人，喷火恐龙，外星人卡卡超越时空带着乐乐和朵朵开启一段寻找神器的冒险之旅
影片根据中国古代神话故事《山海经》所记载的周饶小人国传说改编而成，讲述了周饶小人国的王子锤木，在意外之中闯下大祸，导致父亲变成石像，最后一路经历冒险，重新拯救了父亲和王国的故事。
