本片讲述的是蝙蝠侠（罗杰·克雷格·史密斯 配音）以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成，包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等，他们在高谭市作恶多端，一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌，同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人（Dana Snyder 配音）。除了Animilitia组织，蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人，一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。
影片通过一个少年的视角讲述了万年前的新石器时代愚公移山的故事。傲慢的山神将王屋、太行两座大山堆在了愚公的家门口，倔强的愚公决心把大山挖掉。面对众多的质疑和巨大的困难，愚公毫不退缩，带着自己的儿子和村民坚持奋斗。在斗争中，愚公的儿子清风和山中精灵微光相互接触，相互理解，找出另外一条解决之道：把山移走。
美人鱼爱丽儿和王子埃里克结婚后过着幸福美满的生活，不久，两人的女儿麦乐迪也出生了。小家伙天性调皮，和妈妈正好相反的是，她一直向往着海底绚丽多彩的世界，爱丽儿也一直没有告诉她自己的身世。 上一集企图加害爱丽儿的巫婆的妹妹莫嘎纳为了帮姐姐报仇，骗麦乐迪说能帮她变成美人鱼，乐不可支的麦乐迪就这样跟着莫嘎纳前往了海底。丢失了爱女的爱丽儿和埃里克异常焦急，为了寻找爱女下落，爱丽儿决定重回大海。
