缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
在一个冰天雪地的国家，漫天白雪笼罩着荒芜群山。一名少女艰难蹒跚，似乎在寻找什么东西。这时，一名光头男子突然出现，向其发起攻击。经过一番艰苦搏斗，女孩终于击败对手，而自己也耗尽了力气，晕倒在雪地中。当她醒来时，发现自己正置身一顶烧着篝火的帐篷中，一名老者救助了她，并且问询女孩出现在这里的缘由。原来女孩曾在城镇中找到一条受伤的小飞龙，她将小家伙带回自己的住所，为之疗伤，并和飞龙成为好朋友。小龙伤愈之后，翱翔天际，谁知这一天竟被一条巨大的飞龙抓走。 不管前路多么凶险，少女决定救回这个难得的好朋友…
三只小猪驾着自己的飞船，踏上了前往“甜甜圈星球”的旅途。不料飞船遇到白洞的喷射，坠落在冰冻星球，偶遇人造外星人豆豆，并和豆豆成为了好朋友。但他们在护送豆豆回家的途中遇到了邪恶博士，并被告知豆豆是“四十大盗”。豆豆究竟是好人还是坏蛋？正义博士究竟在哪里？三只小猪面临的，是一场需要拯救宇宙的大冒险！
21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，用高科技手段屏蔽一切外来信号，再次进入锁国状态。 此后整整10年间，关于日本的现状外界一无所知。美国政府急于了解日本当前的状况，虽派出特种部队SWORD秘密潜入这个已经封闭了十个年头的神秘国家。当特种队员VEXILLE（黒木メイサ 音）和里昂（谷原章介 饰）进入日本后，眼前的一切却令他们大吃一惊…
