故事讲的是一个小城侦探失去求生意志，然后护送一个流浪汉去精神病院，流浪汉声称月球人进攻地球了，而侦探的任务就是去刺杀一个被流浪汉称为是月球人的媒体大亨。
当一艘外星飞船降落在附近时，杰西卡醒来。在派遣一对年轻夫妇后，外星人以新派遣的年轻人的身份出现。杰西卡和她的占有欲强烈的情人约瑟芬邀请“安德斯”进来当他看起来受伤的时候。很快，杰西卡开始怀疑约瑟芬的专横跋扈，更多地依靠外星人的支持，但他在地球上的目的仍不清楚。
在一個遙遠的星球上，有一群時空穿越者正和外星人對戰，必須在限定時間內啟動時光機器，將地球回復到毀滅之前的樣子。
在这部续集中，生产机械战警的泛消费公司掌控着底特律城的治安，警察们因薪水迟迟不能到位而举行罢工。凯恩（Tom Noonan 饰）旗下的犯罪集团依靠制造风靡各地的毒品“纽克”大发横财，社会治安极度败坏，到处是暴力事件。机械警察墨菲（Peter Weller 饰）追查毒品，将凯恩的制毒工厂捣毁，由此被凯恩团伙埋伏，惨遭肢解。与此同时，泛消费公司趁市政府财务困难，凭合同欲将城市行政纳入公司范畴，泛消费的新机械战警开发计划屡屡失败，于是请到心理学家菲克斯参与设计，菲克斯改动墨菲的命令程序使其无法如常工作，从错误程序摆脱出来的墨菲带领一干热血干警横扫凯恩总部，但是菲克斯却将凯恩改造成为巨大的机械战警，墨菲与凯恩的再次战斗不可避免……
ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。 エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。 ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。 遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。
