威廉丧妻后，从AI公司得到一位与亡妻样貌相同的仿生人，在人工智能开发的斗争中，一个神秘组织试图通过破坏仿生人的程序来让仿生人获得自由...
ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。 エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。 ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。 遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。
一艘美国驱逐舰在公海航行时通过声呐发现一艘严重损毁的俄罗斯潜艇。船长斯特里普命令中校林奇带领两名士兵驾驶潜水钟下潜救援。林奇三人顺利将潜艇中的三名幸存者带到潜水钟后，一头巨型鲨鱼对他们发动攻势。原来，三名幸存者在执行任务时惊动了这头史前生物，他们的潜艇也是因鲨鱼的攻击才损毁。鲨鱼对潜水钟穷追不舍，将其整个吞入口中，并带着潜水钟不断游向深海……
这是1991年的洛杉矶。杰克·迪特（Harry Deth）自从他们唱惠斯勒以来的六年里就已经习惯了与他的新妻子莉娜的生活。 哈比·阿什比（Hap Ashby）是加利福尼亚天使之前的投手，他的生活已经从天沟中消失了，并且投入了大量的财富，他用来资助他收集的消防车。 但杰克和帮派的生活将会变得更加困难。 惠斯勒的哥哥E.D. 沃尔特已经回到了时代，并在绿色世界的组织下开始了一个农场。 绿世界努力“清理世界”，但实际上他们是绑架无家可归的人和精神病人，成为“转世”。 他们是在未来的安理会成员的祖先Hap之后。 杰克已经准备好了几个人，但是他并不期望他死去的妻子出现。 通过技术力量，爱丽丝已经从死亡中救出，并回到了1991年，帮助杰克并停止了瓦尔多。 随着莉娜变得越来越紧张
几个世纪以来，不死人之间的战斗从来没有停止过。这一次，超级强大的不死人凯尔从过去来到了现在，他的强大是其他不死人难以望其项背的，无论柯南还是邓肯，若论单挑都不是他的对手。两个人遭到了拥有各种绝技的恶毒暗杀者的围攻，他俩不仅要在各个时空中穿梭联手抗敌，最后还要其中的一个做出牺牲才能战胜邪恶的力量……
