战斗机飞行员函南优一（加濑亮配音）来到基地报道，等待他的是全新的生活环境与熟悉的飞行战斗。在这里，函南优一遇到了各式各样的战友，与不苟言笑的长官草薙水素（菊地凛子配音）。函南优一获得了一架新战斗机，但是，基地里的战友们都对战斗机的前任驾驶员缄默不语。于是函南优一开始留意相关的消息，他渐渐知道，前任驾驶员已经去世，而事件本身与草薙水素有莫大的关系。随着调查的深入，函南优一逐渐发现惊人的真相，而他每天与敌人的战斗，似乎也隐藏着他不知道的意义。
近未来，金融危机席卷美国，失业率和犯罪率飙升，各大主要城市纷纷爆发抗议与动乱。始终与超级英雄作对的莱克斯•卢瑟摇身一变成为总统候选人，他采取强硬的手段镇压暴动，并向选民许下美好前景，最终他如愿以偿当上美国总统。上任之初，卢瑟强化国家集权，先后将原子队长、黑闪、力量女神、武士刀等超级战士招至麾下，其声势空前壮大。而超人和蝙蝠侠对卢瑟的做法心存顾虑，始终不与之合作。 与此同时，一颗小行星飞临地球。卢瑟以联手阻止小行星为由与超人会面，结果却派出金属电子人对超人进行攻击。一番激战过后，超人在蝙蝠侠的帮助下侥幸逃脱，而金属电子人则被神秘之人杀害，卢瑟据此栽赃超人。曾经的超级英雄一瞬间成为公众之敌…
