故事发生在美丽的青藏高原，人迹罕至的雪域冰川是动物们唯一赖以生存的家园。呶噜是一只刚刚出生没多久的藏羚羊，跟随着母亲的脚步，它们正在进行一年一度的繁殖之旅，即将回到家乡。然而，就在这个节骨眼上，邪恶的偷猎者们出现了，在他们的追捕之下，呶噜的母亲不幸跌落山崖，幸运的是呶噜逃过一劫。 在万里无垠的广袤大地之上，寒冬即将来临，呶噜孤身一人，不知该何去何从。兔鼠卡拉和百灵西达的出现给呶噜带来了希望，在它们的陪伴之下，呶噜开始学习起了生存必要的技能。冬天过去了，呶噜的头上长出了稚嫩的羚羊角，它决心凭借自己的力量，返回家园。
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……
曾经作恶多端的大坏蛋麦克迈（威尔·法瑞尔 Will Ferrell 配音）在弃恶从善，化身为大都会的守卫者后，他当初发明出来的一系列邪恶道具再无用处。麦克迈灵机一动，举办了一次邪恶巢穴展销会，将恐怖泰迪熊、蜘蛛机器人、激光枪、火焰喷射器、死亡靴轮等当年的邪恶作品拿出来拍卖，任市民们选购。黄昏将近，拥挤不堪的巢穴变得空空荡荡，不过还有一个带着按钮的小盒子没有销售出去。麦克迈忘记了它的用处，随便按了一下，却意外启动了自己发明的最强大最邪恶的巨型机器人作品——超级超级大坏蛋（MMM）。面对一身正义战士装束的麦克迈，机器人不认旧主，向其发起了无情的攻击……
