白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
未来某年5月18日，某国核电站遭恐怖分子破坏，造成了严重的核泄漏，全世界将有几百万人面临死亡威胁。中国反核污染专家张宇此时研制出战时急救药品WF003号，并准备携药前往事发地点。但张宇突被一伙暴徒劫持，成为匪首“狼”用作交换被捕同伙的人质。为维护世界和平、履行国际主义义务，中国派出以“黑狮”和“蛇”为首的快速反应突击队，营救张宇。经过多次激烈搏斗，“黑狮”终于制服了凶狠狡诈的“狼”，圆满的完成了营救任务。
影片的焦点是一个有道德意识的刺客奎因。他的下一个目标是一个名叫塔莎的俄罗斯移民，奎因被误导，认为他是个毒品信使。在奎因监视塔莎的时候，他正计划着杀死他的最佳时机，他变得迷恋她的美丽和纯真。最终，奎因从另一名刺客手中救出了塔莎，并把她保护起来。两人联手找出谁想要她死，还有为什么。在这个过程中，奎因发现了他的过去的秘密，与内心的恶魔斗争，使他成为今天的人。
