控制2022

　　一个阳光明媚的夏日午后，人们悠闲自在的在海边嬉戏，一名男青年提议下水比赛，然而大家并不知道，隐藏在水下的恐怖生物正在蠢蠢欲动，三名青年争相下水，就在大家玩闹之时，三头鲨张开了血盆大口，瞬间海水被鲜血染红，惊慌失措的游人只得尽快逃离海岸。 　　Maggie（卡鲁切·特兰 饰）是刚来这个小镇的研究员，刚刚毕业的她心怀一腔热情，她所在的研究所正在研究海洋垃圾对生态造成的影响，研究中他们发现正是环境的破坏导致了一些海洋生物的变异……

　　当一艘外星飞船降落在附近时，杰西卡醒来。在派遣一对年轻夫妇后，外星人以新派遣的年轻人的身份出现。杰西卡和她的占有欲强烈的情人约瑟芬邀请“安德斯”进来当他看起来受伤的时候。很快，杰西卡开始怀疑约瑟芬的专横跋扈，更多地依靠外星人的支持，但他在地球上的目的仍不清楚。

　　半个世纪前，德教授率领考古队在埃及帝王谷发现了一个罕有的金字塔"太洛斯"。更碰上一股邪恶的恐怖力量，为了令邪灵不致为祸人间，德教授不惜引爆搜索现埸，与邪灵同埋于沙漠深处。
　　德教授的孙女珊美其后自组搜索队，决定重新征服"太洛斯”，但同样遇上邪恶力量，各队员更是死的死，疯的疯。从此，“太洛斯”的阴影一直潜伏在她的心中。岂料一天，珊美收到英国国家博物馆的宣传品，即将举行的展览竟是“太洛斯”！经历了几千年的沉睡，终于重现人间。

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。
　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。
　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。
　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。