世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。 另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、 并尝试施行干涉现实世界的最终计划。 为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。 「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」 绝望的迪路兽向大家说到。 孩子们做出最后决定的时候到了。 被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？ 现在，冒险将再一次进化。
U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......
小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
