在一个冰天雪地的国家，漫天白雪笼罩着荒芜群山。一名少女艰难蹒跚，似乎在寻找什么东西。这时，一名光头男子突然出现，向其发起攻击。经过一番艰苦搏斗，女孩终于击败对手，而自己也耗尽了力气，晕倒在雪地中。当她醒来时，发现自己正置身一顶烧着篝火的帐篷中，一名老者救助了她，并且问询女孩出现在这里的缘由。原来女孩曾在城镇中找到一条受伤的小飞龙，她将小家伙带回自己的住所，为之疗伤，并和飞龙成为好朋友。小龙伤愈之后，翱翔天际，谁知这一天竟被一条巨大的飞龙抓走。 不管前路多么凶险，少女决定救回这个难得的好朋友…
堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
