未来某天，议员之子帕特里克·罗斯（贾斯汀·拉扎德 Justin Lazard 饰）乘坐远足号登陆火星，成为第一个踏足这个星球的地球人。一如当年的阿姆斯特朗，帕特里克成为全人类的英雄。然而始料未及的是，帕特里克将一种致命的DNA带回地球。人类开始面临新的灾难。另一方面，由于塞尔曾给地球带来莫大的灾难，军方以及科学家们利用赛尔的基因制作了复制品夏娃（娜塔莎·亨斯特里奇 Natasha Henstridge 饰），旨在通过各种实验找到外星生命体的弱点所在。新的异种降临地球，夏娃体内沉睡已久的基因开始苏醒。冥冥中，帕特里克和夏娃都感到来自对方体内原始欲望的野性呼唤
狂风暴雨之夜，一个小家庭迎来了新生命。当这对父母尚未品尝到幸福的果实时，悲剧不期而至。母亲在亲吻新生儿之后突然暴毙，父亲在舔过婴儿用过的奶瓶后也莫名死亡。美丽的护士林囡（阎青 饰）可怜这个小男孩，于是将其带回家抚养。她很快发现，父亲（高明 饰）饲养的小宠物也都相继猝死。 通过对男孩三三（吴博 饰）的研究得知，由于他的父母常年在化工厂工作，他们的体内郁结了大量的有毒物质，最终导致三三从降生起变成了体含剧毒的毒娃。每逢暴雨之日，三三体内的毒性就会增强，他的身体也会随之成长。他的毒性越来越强，开始有无辜之人因此丧命。三三痛苦不堪，他的人生注定是一场悲剧……
在外太空探险的美国“天鹅号”太空船，由冷酷严峻的蓝刻博士领导，他有著一个狂妄的科学计画，正阴谋进行中，机缘巧遇的“天鹅号”找到了宇宙最神秘的禁地——黑洞，他们不顾一切的闯入，经历了人类前所未有的冒险历程。
丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。 其实这片遗迹是妖精族留下来的，在此地还 封印了一个叫做帝斯基多拉的宇宙怪兽。6500万年前从外星而来的它毁灭了一切植物，导致了恐龙灭绝，而那枚盾牌正是用来封印怪兽帝斯基多拉的。 对此毫不知情的裕一将这枚盾牌带回了位于都内自己的 家并把它作为挂饰送给了自己的女儿，然后自己又返回到了采伐现场。黑色妖精贝拉贝拉飞来抢夺这枚盾牌并与对立派莫儿、罗拉姐妹展开了盾牌争夺战。在被莫儿、罗拉姐妹告知盾牌和封印的由来的后藤一家与莫儿、罗拉姐妹一起准备前往纹别。但在纹别的却出现了一块巨大的岩石。在后藤一家的协助之下罗拉姐妹夺回了盾牌，但是怪兽帝斯基多拉却从岩石中复活了。它像恶魔一样恐怖。为了打到怪兽帝斯基多拉，莫儿召唤来了摩斯拉。但是摩斯拉刚刚产完卵，寿命不长的她和怪兽之间陷入了苦战。为了助自己母亲一臂之力早产的 幼虫通过自己的丝和光线支援母亲作战。 摩斯拉不断挑战怪兽，使水库决堤成功的将怪兽逼到了对岸，但是摩斯拉拼尽了全力最终沉入了海底。在这之后，幼虫在屋久島充分吸收了森林的能量新的摩斯拉再次诞生了。于此同时怪兽也已经重新恢复到毁灭地球时的完 全状态，新的摩斯拉与怪兽再次交战，他以压倒性的力量和优势再次将怪兽封印到了地下。此后，摩斯拉让被怪 兽烧掉的已成荒芜的北海道瞬间重获绿色，并和莫儿、罗拉姐妹一起返回到了家乡。
