公元2186年，人类爆发了精神危机，AI乘虚而入创造“完美世界”和心灵孵化区，只有通过心灵值测评才能通向完美世界。Jacky和渡休一起生活在孵化区内，对完美世界充满向往，在一次心灵评测失败后由于抱怨导致两人心灵值被监视官扣至为零，于是他们找到地下组织“沖激钻”打算非法离开孵化区。但渡休的冒险偷渡方式不被Jacky认同，两人争执致使感情决裂。Jacky担心渡休安危，继而向千灵圣女求援，而千灵圣女则是一具被AI操控的雌雄两性躯体，心灵孵化则是她操控人类的手段。Jacky弄巧反拙，令渡休的意识被强制回收，同
一艘货轮在航行时突然遭遇海怪袭击，被寄生虫占据的船员逐渐变异失去人性。
这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
After a random school shootout leaves a scientist's daughter and the shooter dead, he uses nano-robots to look into a psychopath's memories to find reasons for violence and a way to treat it.
