隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。剧场版第二章“Midsummer Knight's Dream”登场。
本片讲述的是蝙蝠侠（罗杰·克雷格·史密斯 配音）以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成，包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等，他们在高谭市作恶多端，一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌，同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人（Dana Snyder 配音）。除了Animilitia组织，蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人，一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。
