希腊哲学家柏拉图曾经在公元前360年两度在他的著作【对话录】提及亚特兰提斯这个文明——“在一个分不清楚昼夜的晚上，亚特兰提斯沉入了深海。” 1914年华盛顿的市立博物馆里，年轻的男主角迈罗是一位语言学家，对于亚特兰提斯的传说深信不已。迈罗希望自己能像祖父一样成为一位伟大的探险家。在得不到博物馆的资金赞助下，突然出现一位祖父生前怪怪的好友愿意提供迈罗资金，让他去探索亚特兰提斯存在的真假。 迈罗领着专家组成最顶尖的探险队，出发前往深海寻找亚特兰提斯城。万万没想到，亚特兰提斯人居然仍然生活在地底的世界里。在亚特兰提斯的国度里，迈罗与探险队见到了亚特兰提斯二万岁高龄的国王以及八千五百岁的姬妲公主，他们对亚特兰提斯文明的未来感到忧虑，公主希望探险队可以帮助她的王国重新找回动力。不料整支探险队伍除了迈罗之外全都心怀不轨，他们全是为了金钱财富而来。
战斗机飞行员函南优一（加濑亮配音）来到基地报道，等待他的是全新的生活环境与熟悉的飞行战斗。在这里，函南优一遇到了各式各样的战友，与不苟言笑的长官草薙水素（菊地凛子配音）。函南优一获得了一架新战斗机，但是，基地里的战友们都对战斗机的前任驾驶员缄默不语。于是函南优一开始留意相关的消息，他渐渐知道，前任驾驶员已经去世，而事件本身与草薙水素有莫大的关系。随着调查的深入，函南优一逐渐发现惊人的真相，而他每天与敌人的战斗，似乎也隐藏着他不知道的意义。
生化战士面临空前危机,这次他们不仅坠入一连串阴谋与诡计的黑暗之网中,还要面对伙伴背叛的考验,而新登场的敌人更是无比棘手。充满冒险动作的全新故事,华丽炫目的计算机动画场景,将带您再次进入最精彩刺激的生化战士世界。为了建立未来的新家园,六位生化战士必须返回美特吕完成最后的任务,但他们却发现这座昔日繁荣的城市已经笼罩在黑暗之中,空中有千丝万缕的蜘蛛网,成千上万的蜘蛛兽大军在城市中到处横行。当他们正准备对抗蜘蛛兽时,却遭到毒液攻击,并且变身为野兽般的模样,若不实时解毒,将永远变成邪恶的神魔战士。这时他们不仅要对抗蜘蛛兽大军,还要设法拯救被黑暗力量控制的村民,面对重重险恶,高贵的战士们还能坚持"团结,使命,责任"的信念吗?身怀绝技的战士挺身对抗身藏剧毒的敌人,经历这场严酷的考验之后,这些伟大的生化战士将再次开创一页全新的传奇,让他们的英名永远流传。
