《深海特攻队之超能晶石》是一部以“探寻海洋文化”集科幻与环保为主题的3D少儿动画电影。四颗拥有神奇力量的晶石打破了海洋小镇的平静，其中一颗晶石唤醒了海怪——利末安森。为了统治整个海洋，它率领黑暗军团，继续搜寻剩余的三颗晶石。小镇里的章鱼兄弟墨墨和哥哥意外捡到一块晶石，灾难来临，墨墨被小荣龙救回，而哥哥却被利末安森魔化，取名黑格。在与黑格的激战中，利末安森绑走了墨墨，威胁特攻队交出晶石，危急关头小荣龙挺身而出救下墨墨，同时魔化了的哥哥被墨墨绝望的喊声唤醒意识，为了保护弟弟不在受到伤害，他缠绕住利末
缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
