面对一个个错综复杂的悬疑案件，法证部高级化验师余星柏（黄宗泽 饰）、重案组高级督察井浩然（袁伟豪 饰）、法医科高级医生范佩清（蔡洁 饰）三人团将如何一步步抽丝剥茧，在危机四伏的谜团中，用科学揭露事实寻觅真相？在面临生死时，他们又将如何坚守本心，完成对自我和他人的救赎？一切答案都将在本季剧集中揭晓。
千金小姐君青蓝惨遭家族抄家灭门，昔日未婚夫李从尧非但未施以援手，还亲手毁掉她的容貌。她死里逃生，改头换面，女扮男装化身大理寺仵作，隐忍蛰伏一心翻案复仇。却不想与李从尧再相遇，昔日挚爱已然变成冷血狠戾的端王，还强行将她掳来肆意囚禁。爱恨纠缠，权谋诡谲接踵而至，旧案疑云层层浮现，一场复仇与情愫之间的博弈再次展开。
苏洛瑶因父兄被害，为接近真相，她凭借精湛画技与过人智慧，毅然潜入神秘莫测、藏污纳垢的百珍司。过程中，苏洛瑶邂逅隐忍的少年将军谢凌风，双强联手破局。
乙亥年秋，云州骤起幽冥教，教主独孤晴专杀薄情负心德行有亏之辈。太子夏无双和好兄弟张小峰奉皇命携天子剑赴云州剿魔，初见独孤晴即中圈套，幸得听风阁主苏婉儿相救。三人联手深入调查，循线揭开惊天秘密，独孤晴乃皇室外甥女，其母阿衡公主因与真一派弟子何若鳞相爱，被皇帝拆散后殉情自尽，婴孩被弃民间。何若鳞筋脉被废后自宫变性，化名肖琳隐居复仇，将亲生女儿独孤晴训练成杀人之刀，命门是动情即废功。夏无双闯三关破魔宫，痴情护法沈丑舍命相救，临终揭真相。何若鳞服毒身亡，皇帝下罪己诏，封独孤晴安宁郡主。历览人间真情，独孤晴放下仇恨，入尼姑庵洗尽铅华，山门缓缓合上。
机甲工程师林月因半块玉佩的力量穿越到古代机关术世界，与镇北将军萧景珩并肩修复破军、抗击北狄，同时在烽火中寻找母亲下落，解开自己的身世之谜。
