在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。 Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......
五岁的吉松和姐姐吉美自小失去了父母，过着相依为命的流浪生活，机缘巧合之下，姐弟俩得到寺院僧人的帮助，收留他们在寺院里住下。寺院内的生活轻松安稳，吉松年幼淘气，经常惹出小麻烦，但僧人们对他十分包容，还带领他进入修行的世界，令吉松单纯的相信，只要足够虔诚，就有机会见到他的妈妈。懂事的吉美已经双目失明，经常因为想念妈妈而偷偷哭泣，因怕弟弟伤心，无法向他说出母亲再不会回来的事实。冬天来临，吉松跟随僧人净觉到山上观音庵修行，但净觉最后一次下山采购时恰逢大雪封山，令他无法返回，五岁的吉松只身一人留在观音庵里，以他自己的方式终于见到了母亲…
