电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。 少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河...... 鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。 因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。 在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......
故事发生在中古世纪，阿祖尔是个金发碧眼的欧洲贵族，与父亲生活在豪华的宫殿中。与他共同生活的，还有奶妈和她的儿子——黑发、褐色皮肤的阿斯马尔。奶妈悉心照顾两个男孩，并且给他们讲述仙灵女的童话故事。但是随着阿祖尔慢慢长大，他父亲把他送到外面接受更专业的教育，并且解雇了奶妈，把她和阿斯马尔赶出了宫殿。 成年后的阿祖尔回到了宫殿，决定要外出冒险，却意外流落到了陌生的国度。在这片中东土地上，阿祖尔经历了多番波折之后，居然与奶妈和阿斯马尔重逢。随后，这两位代表着不同种族的王子——阿祖尔和阿斯马尔，都决定要去寻找仙灵女，途中他们遇到种种困难，互为竞争对手的他们能否救出仙灵女…
该部电影是2009年以来的第二部“神奇女侠”动画电影，电影主要讲述神奇女侠神奇女侠要从致命犯罪的组织帮助一名深陷麻烦的女孩，而这个组织的目标是入侵神奇女侠的家乡天堂岛。罗莎里奥·道森将继续为神奇女侠配音，本片将有银天鹅、豹女、毒药博士和巨化女等神奇女侠经典反派登场。
