被外星人控制的恐龙王对地球发起了攻击,迷你特工队在强大的力量面前屡屡挫败,关键时刻,曾经与恐龙王有着深厚友谊的少年——杨能否重新唤起恐龙王的记忆,一起来对抗外星人。
一次意外中,经营着“猪猪万事屋”的猪猪侠(陆双配音)意外获得了一颗魔豆,之后,杰克(陈轶配音)找到了猪猪侠,委托他帮忙寻回其丢失的会下金蛋的巨鹅。就这样,猪猪侠和同伴们千里迢迢赶往巨人岛,开始了属于他们的冒险。巨人岛上充满了危险,经过千辛万苦,猪猪侠一行人终于来到了巨人的城堡,找到了巨鹅,与此同时,巨人发现了他们的行踪,对他们展开了穷追不舍的狙击。当猪猪侠
正在进行修业之旅的小智(松本梨香 配音)、小刚(うえだゆうじ 配音)、小遥(KAORI 配音)和小正(山田ふしぎ 配音),在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美(眞鍋かをり 配音)及其所在的玛丽娜剧团,于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代,她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普(藤岡弘 配音)夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿,神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败,他将与洋美、小精灵护林员杰克(山寺宏一 配音)以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。