机密复仇者：黑寡妇与惩罚者

庆应三年——幕末动乱时代。
　　由于将军德川庆喜的大政奉还，江户幕府濒临解体，幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组，在经历油小路事件后遭受重创，即使如此仍然决定向庆喜效忠。
　　此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。
　　新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。
　　期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。

在崇山峻岭之间，塔莉娅（莫蕾娜·巴卡林 Morena Baccarin 配音）和儿子达米安（Stuart Allan 配音）隐居于此。他的外公瑞斯组建并训练刺客联盟，期待着下一个继任者的成长。谁知就在这一天，瑞斯当初的得意弟子“丧钟”斯莱德·威尔逊（Thomas Gibson 配音）带着叛变的刺客杀来，一番激战过后，瑞斯不幸身亡。在此之后，来不及悲伤的塔莉娅带着达米安来到哥谭市，寻找儿子的生身父亲蝙蝠侠布鲁斯·韦恩（杰森·奥玛拉 Jason O'Mara 配音）。从未谋面的父子，展开了磕磕绊绊的相处。
　　与此同时，丧钟的野心持续膨胀，当他的触角伸向哥谭市时，他终将和蝙蝠侠父子迎来一场大战…

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……
　　本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。