云的彼端，约定的地方

某日，拥有“魔王因子”的魔王候补·春日新，无意中触碰到TRINITY SEVEN之一·浅见莉莉斯的魔道书《赫耳墨斯外典》，在那瞬间被耀眼的光包围，眼前出现了一名神秘少女。
　　被命名为“莉莉姆”，将新和莉莉丝当成双亲来尊敬的少女。但，在少女出现的同时，世界发生了异变——
　　觉醒的禁忌之“悠久图书馆”。 炼金术的究极产物——经由人之手创造的“白色魔王”被封印在那里。
　　“白色魔王”为了成为真正的魔王，而企图将新与TRINITY SEVEN抹杀
　　在拥有前所未有的强大力量的“白色魔王”面前，世界的崩坏以及走投无路的危机袭向新等人——
　　新与TRINITY SEVEN能够保护这个世界吗？

二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？

炎炎夏日，为了找到所向披靡的独角仙，大雄（大原めぐみ 配音）痛哭流涕，对哆拉A梦（水田わさび 配音）软磨硬泡。无奈之下，哆拉A梦和哆拉美（千秋 配音）拿出时光圈，帮大雄在500年前的新西兰寻找独角仙，谁知却意外抓到了早已灭绝的恐鸟。为了不至于让恐鸟走向灭亡，他们决定将其送往奇迹之岛。奇迹之岛是由未来的科学家开发的专门用来收留、保护、研究灭绝动物的小岛，传说岛上有一只黄金独角仙，它可为当地的生物注入生命的力量。一波三折，大雄和小伙伴们来到了这里，并且结识了和大雄极其相像的神秘少年达凯（野沢雅子 配音）以及善良的洛科洛族。与此同时，一个黑心商人图谋抓住黄金独角仙……
本片为哆拉A梦诞生前100年的纪念之作。