知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」… 同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇… 兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！
在未来世界，由于痛失爱子，天才科学家天马博士（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）创造出了机械人阿童木（弗莱迪·海默 Freddie Highmore 配音），想以此来作为儿子的替身，寻找安慰。虽然，阿童木拥有博士儿子的情感和记忆，而且先进的程序还在不断完善其情绪，并让他富有同情心。可是，博士始终无法接受失子之痛，对阿童木也不能正确对待，并认为他不是人类而将其抛弃。阿童木沦落为无家可归的流浪儿，而且还备受军方的四处通缉，并最终被抓住。军方要求天马博士拿掉阿童木的能源，让它变成军方机器人的能源配备。在最后时刻，天马博士突然醒悟，并协助阿童木逃走。面对军方的围追堵截，阿童木奋起反抗，最终一场惊世大战一触即发。在不断的旅行过程中，阿童木也逐渐成长，他也接受了自己这机械与人类结合的设计，并肩负起全人类生死存亡的重任。
本作描写了主人公与同伴们白天作为学生生活，夜晚则运用名为“Persona”的特殊力量，化身为“窃取心灵的怪盗”，向社会中扭曲腐坏的大人们发起挑战的都市浪漫物语。
邪恶的宇宙海盗迪恩（胡谦 配音）得到了能够吸收力量的魔石，妄图凭此统治宇宙，天蛇星少主缪斯（李晔 配音）的能量被魔石吸收，性命岌岌可危，为了挽救缪斯，耶里梅斯出发寻找正气之铁，希望能够将它打造成煞魔圣剑，将迪恩彻底打败。 镜头来到棱石星，迪恩的魔爪伸向了这片宁静的土地，为了对抗这股强大的邪恶力量，战神联盟聚集到了一起，然而，迪恩的实力实在过于可怕，雷伊（孙晔 配音）、卡修斯（刘北辰 配音）和布莱克（吴磊 配音）等人接二连三的被吸入魔石之中。最终，盖亚（蒋可 配音）和赛小息（罗玉婷 配音）等人顺利的夺回了魔石，却也引来了迪恩派出的杀手。
