明朝熹宗年间，宦官魏忠贤心怀叵测，图谋陷害忠良。东林党人顾宪成等义士心系国家，欲将“羊皮密卷”呈交熹宗，但未能如愿。在此期间，诸多忠良遭到魏忠贤的残害，唯有顾宪成的小女儿小云，带着“羊皮密卷”，勇敢地逃往山野，寻求庇护。小云来到钱家寻求庇护，然而钱员外贪婪欲利，想向东厂告密。幸好，小云得到了幼女玲玲和小胖的帮助，逃出生天。一位神秘的道士名为“不知道人”飞身将小云救走，并夺回了被钱员外夺取的“羊皮密卷”，将小云藏匿在一废弃的庙宇中。 在庙中，小云结识了一名小乞丐石头，并与他一同混迹市井，寻找其他忠良后代。他们在旅途中结识了顽童小豆子和鼻涕虫。在困境中，一位野道士通过“飞叶传书”秘密引导他们前往少林寺寻求庇护。抵达寺门前，他们与另一名忠良遗孤高天鹏相遇。少林寺慈悲收留这些孩子，并交给青草大师带领。一天，小云随至善出外学习剑法，却被魏忠贤的手下认出，并陷入了激战。幸得神秘道士相助，击退了杀手。消息传来，魏忠贤下令围攻少林寺。青草大师和至善护送孩子们离开寺庙，而寺庙的方丈被捕作人质。为了解救方丈，小云私下下山，却陷入了重重围困之中。在生死关头，道士、笑痴僧、青青和苗苗等人赶来相助。然而，道士不幸战死，而小云也中了毒箭，最终跌入井中殒命。
可怜的今泉慎太郎（西村雅彦 饰），由于饱受精神和肉体的折磨，最终令自律神经失调症进一步加重。为了治疗病症，他报名拜入前卫花道家二叶凤翠（山口智子 饰）的门下学习插花和舞蹈。凤翠原是花道家二叶凤水（長内美那子 饰）的得意门生，后因自立门户致令师徒失和。凤翠在花道的基础上融合了舞蹈的表现形式，引起了广泛的关注，她准备举行一次表演，而一向表现糟糕的今泉竟然被选中参加演出。发布会期间，凤水前来道贺，师徒的关系似乎出现缓和的态势，然而凤翠却试图趁机杀死这个对自己有着颇多微词的师父。适逢古畑任三郎（田村正和 饰）前来观看今泉的表演，他成为了这起杀人案件的见证者…… 本片为《古畑任三郎》系列最受好评的SP，收视率34.4%。
