堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，用高科技手段屏蔽一切外来信号，再次进入锁国状态。 此后整整10年间，关于日本的现状外界一无所知。美国政府急于了解日本当前的状况，虽派出特种部队SWORD秘密潜入这个已经封闭了十个年头的神秘国家。当特种队员VEXILLE（黒木メイサ 音）和里昂（谷原章介 饰）进入日本后，眼前的一切却令他们大吃一惊…
在动物仙子（简·霍洛克斯 Jane Horrocks 配音）和小叮当（梅·惠特曼 Mae Whitman 配音）的帮助下，动物们浩浩荡荡的迁徙到了冬森林，冬森林实在是太美丽了，小叮当瞬间就被迷住了。之后，小叮当发现自己背上的翅膀竟然开始发光，她来到藏书室，好不容易找到了记载着翅膀发光缘由的书籍，却发现自己所需要的那几页书居然被虫蛀得斑斑驳驳。无奈之下，她只得前去寻求图书管理员的帮助，图书管理员告诉小叮当，她所寻求的答案就藏在冬森林之中，于是，小叮当踏上了寻求真理的旅途。在冬森林，小叮当遇见了铃兰花仙子（露西·海尔 Lucy Hale 配音），与此同时，一个隐藏了多年的秘密渐渐浮出水面。
