达芬奇生活在一个宁静和平的小村庄里，每天都沉迷在自己研究的神奇发明中。他有个名叫洛伦佐的好朋友，勤劳勇敢，喜欢自然，总是给达芬奇许多帮助。达芬奇喜欢一名叫“蒙娜丽莎”的聪慧又机敏的女孩，在他们身边总是会发生许多有趣的事儿。直到一场大火烧毁了蒙娜丽莎家的农田，她的父亲为了生计，不得不让蒙娜丽莎嫁给一个富有却惹人讨厌的家伙。为了解救自己的伙伴，达芬奇从一个神秘说书人那里听说在弗洛伦撒附近的海域内藏有宝藏。
庆应三年——幕末动乱时代。 由于将军德川庆喜的大政奉还，江户幕府濒临解体，幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组，在经历油小路事件后遭受重创，即使如此仍然决定向庆喜效忠。 此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
