被外星人控制的恐龙王对地球发起了攻击，迷你特工队在强大的力量面前屡屡挫败，关键时刻，曾经与恐龙王有着深厚友谊的少年——杨能否重新唤起恐龙王的记忆，一起来对抗外星人。
某晚，中央城爆发激战，闪电侠巴里·艾伦（贾斯汀·钱伯斯 Justin Chambers 配音）和超人、蝙蝠侠、戴安娜、绿灯侠等正义联盟的伙伴们与来自25世纪的急速教授及其爪牙镜子大师、陀螺、速冻队长你来我往，最终将这群恶棍绳之于法。分别时刻，急速教授的一番话触动巴里心底最敏感的地方。在此之后，似乎一切都发生变化。他一觉醒来，发现无赖帮们继续为非作歹，自己则意外丧失了变身闪电侠的能力，更令他出乎意料的是本应在童年被盗贼杀害的母亲竟然活着出现在他面前。全世界仿佛也天翻地覆，戴安娜率领的亚马逊人以及亚特兰蒂斯阴谋毁灭世界，布鲁斯死去，他的父亲托马斯·韦恩则以粗暴的蝙蝠侠身份出现。
世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。 另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、 并尝试施行干涉现实世界的最终计划。 为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。 「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」 绝望的迪路兽向大家说到。 孩子们做出最后决定的时候到了。 被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？ 现在，冒险将再一次进化。
