晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…
影片根据中国古代神话故事《山海经》所记载的周饶小人国传说改编而成，讲述了周饶小人国的王子锤木，在意外之中闯下大祸，导致父亲变成石像，最后一路经历冒险，重新拯救了父亲和王国的故事。
2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品
创造虚拟偶像“阿贵”的张荣贵所拍摄第一部动画长片。少女“冷光飘浮”在码头上等待爱人“西风间树”，就在开船的前一刻，战事爆发，女孩在混乱中上了一艘奇幻的黑鲸船，船上满载失意的灵魂，但男孩却没有现身。剧情在不同的时空中跳跃，有如线上游戏，而战争的结束与爱情的得与失，都系于一名充满我执的少女身上。
在遥远的未来，海水淹没陆地，人类几乎全部飞离了地球，只剩几个人类在水底等待最后的发射，整个地球只剩下海水和海洋生物。一只爱冒险，名叫“深深”的章鱼以及仅存的水生动物同类们，在传说中的“海霸琨爷”（大章鱼）的保护下，生活在一个神秘的海底洞穴。但一起意外摧毁了他们的家，“深深”和他的朋友必须前去人类之城找到琨爷的老友“南森”（大白鲸）解救危机，他们必须面对强大的敌人，开启了他们的冒险之旅。
