晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…
根据超人气条漫《一百天后死掉的鳄鱼》改编的动画电影定档5月28日在日本上映。《摄影机不要停！》导演上田慎一郎和妻子福田美由纪共同导演，神木隆之介为鳄鱼配音，中村伦也、木村昴、新木优子也担任配音。 2019年12月12日，漫画家菊池佑纪开始在推特上传一组漫画，记录一只鳄鱼平凡的100天生命倒计时，从此热度居高不下。
