战斗机飞行员函南优一（加濑亮配音）来到基地报道，等待他的是全新的生活环境与熟悉的飞行战斗。在这里，函南优一遇到了各式各样的战友，与不苟言笑的长官草薙水素（菊地凛子配音）。函南优一获得了一架新战斗机，但是，基地里的战友们都对战斗机的前任驾驶员缄默不语。于是函南优一开始留意相关的消息，他渐渐知道，前任驾驶员已经去世，而事件本身与草薙水素有莫大的关系。随着调查的深入，函南优一逐渐发现惊人的真相，而他每天与敌人的战斗，似乎也隐藏着他不知道的意义。
泰德（凯瑞·莎勒KerryShale配音）是一名芝加哥的普通建筑工人，但却从小怀揣着成为一名考古学家的梦想，因此常常在工作中神游万里而被频频解雇。就在第七次被解雇之后，泰德去看望他的考古学朋友亨伯特教授，然而此时教授刚刚受邀去印加古城探索一个重要发现，却恰巧因生病不能前往。阴差阳错之下，泰德被当成亨伯特教授远赴秘鲁，与年轻火辣的考古学工作者萨拉（菲奥娜·格拉斯科特FionaGlascott配音）一道，在壮美神秘的热带沙漠和丛林里，携手寻找传说中的印加黄金城。一路上和秘鲁导游弗雷迪、小土狗杰夫、鹦鹉贝尔佐尼甚至一只守卫黄金城的神秘木乃伊一起，开启了一段离奇刺激的探险之旅……该片主角泰德的人物形象主要基于《夺宝奇兵》印第安纳·琼斯的故事。
时空背景设定在2509年，地球不只与USG石村号（USG Ishimura）和伊萨克．克拉克失去了联系，同时也与派去救援他们的USB欧班农号（USB OBannon）失联。欧班农号上有四名船员存活了下来，但是没有人知道其他成员的下落，也没有人知道他们遇上了什么事情，更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切，全都将透过《余波》来揭晓
重制了2015年4月到6月播出的电视动画《吹响悠风号》而出的剧场版。
