2013年10～12月にテレビアニメが放送された京都アニメーション制作「境界の彼方」の劇場版2部作の後編。テレビ版総集編にあたる前編「過去篇」から1年後を舞台に、ヒロインの栗山未来らに起こる新たな出来事を描いた完全新作の劇場版。戦いが終わり、これまらまた普通の日々が始まると思っていた秋人と未来だったが、未来の記憶が失われてしまう。新学期を迎えても未来の記憶は戻らず、高校3年生に進級した秋人は未来の幸せを願い、彼女を避けるように生活していたが……。
小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。 为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。
在一个冰天雪地的国家，漫天白雪笼罩着荒芜群山。一名少女艰难蹒跚，似乎在寻找什么东西。这时，一名光头男子突然出现，向其发起攻击。经过一番艰苦搏斗，女孩终于击败对手，而自己也耗尽了力气，晕倒在雪地中。当她醒来时，发现自己正置身一顶烧着篝火的帐篷中，一名老者救助了她，并且问询女孩出现在这里的缘由。原来女孩曾在城镇中找到一条受伤的小飞龙，她将小家伙带回自己的住所，为之疗伤，并和飞龙成为好朋友。小龙伤愈之后，翱翔天际，谁知这一天竟被一条巨大的飞龙抓走。 不管前路多么凶险，少女决定救回这个难得的好朋友…
19世纪，大不列颠帝国雄霸海上，维多利亚女王骄扬跋扈（伊梅尔达·斯汤顿 Imelda Staunton 配音），但是横行四海的海盗仍令她愤恨不已。这群不法之徒中，海盗船长（休·格兰特 Hugh Grant 配音）则显得有些寒酸，他手下跟着一帮老弱病残，每次打劫虽然斗志昂扬，却总是了无所得。这一天，他在血色之岛上受到了业内高手黑鬼贝拉（杰里米·皮文 Jeremy Piven 配音）和弯刀莉兹（萨尔玛·海耶克 Salma Hayek 配音）等人的嘲笑。为了证明实力，赢得年度海盗大奖，船长开始四处劫掠，结果意外结识了生物学家达尔文（大卫·田纳特 David Tennant 配音）。达尔文发现，船长的宠物竟然是早已灭绝的渡渡鸟。于是他花言巧语劝诱船长去伦敦参加年度科学家大赛，而船长也离他的海盗之路越来越远……本片为英国阿德曼公司首部3D粘土停格动画。
