在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相…… 本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。
新春伊始，S&F公司迎来了一位新派遣员：大前春子（篠原涼子饰），态度傲慢又冷淡，一出场就摆出大牌的架子，声明自己绝不加班，也只做职责范围内的事，迅速引起一片反感。 一般的派遣员，不仅工资是以微薄的时薪计算，还处处遭到社员的排挤，和社员的待遇相比可谓是千差万别。可春子却讪笑派遣员的存在是由于社员的无能造成的，不由让冲动的主任东海林（大泉洋饰）与其大吵起来。 春子被分配到市场部，主任里中（小泉孝太郎饰）是一个脾气温顺，但有些懦弱的男人。在接连发生的几桩事件中，关键时刻的危机都由春子完美化解，让众人大跌眼镜，春子在众人心中的形象也渐渐扭转……
