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古い街並みと、多くの自然の残る地方都市。実は、この街（ワンダーランド）を維持しているのは、魔法世界リルムから来ている管理者である「魔法少女」であった。「管理者」である魔法少女の特権は、新しい世界を作り出せること。しかし、今の管理者である魔法少女アニエス・ベル（浅羽嬉子）は、それを良しとせず、母から受け継いだ「古い世界」を維持していたのだった。 魔法少女は、人を好きになり「キス」をする事で、魔法の力を失ってしまう。嬉子は、27歳という年齢でありながら魔法少女であり続けるために、結婚した旦那である浅羽保とのキスを拒み、すれ違いから別居しているのだった。 主人公である神楽巽は、大学の陸上部に所属していたが、怪我のため就職することになり、嬉子の家に下宿することになる。その頃、魔法世界からも、新しい管理者候補として、クルージェ（紅さやか）がやって来るのだった。巽に恋したクルージェは、ちょっと大人な姿に変身し、巽に心を開いていく。 業を煮やした魔法世界リルムの評議会は、古い世界から「新しい世界」へ強制的に移行させようと、嬉子の指輪を奪おうと画策するのであった。 街が消えるという事は、その街にいる「大切な人」も消えてしまう…。 浅羽と嬉子、アニエスと巽、巽とクルージェ…。それぞれの恋愛感情が交錯しながら、ゆっくりと少しずつ、物語は加速していく…。
在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。 他们的诞生理由各有不同。 既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。 既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。 既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。 对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——
高校生の四加一樹は、周りには見えないロボットの幻影が見えるようになり変人扱いされていた。それを知った科学者の真田博士は、四加を研究室に連れてくるように娘の三月に頼む。博士はパラレルワールドを証明しようとしており、怪しげな装置に四加を座らせるが、手違いにより別世界へと転送してしまう。 平行世界に飛ばされた四加は、特定の人間しか操縦できないコアロボット1号機”ハルツィーネン”を巧みに操縦して敵を撃破する。これを知ったこの世界の真田司令長官は四加を呼び出す。四加は元の世界に返して欲しいと頼むが、侵略者との戦争が原因で理論は完成していなかった。 戦争を終わらせて早く帰るため、一緒に平行世界に飛ばされた三月と真田家に居候しつつ、ハルツィーネンを操縦して侵略者と戦うことになるのだが、それはそれとしてドタバタな日常生活が始まる。
